2005年的吞吐量为1,923,462TEU，比上年增长4%，世界排名第五十位。

直到2006年初，墨尔本港还没有完成有关航道疏浚工程对周边环境影响的研究，因此，州政府未能批准其对主要航道进行疏浚，墨尔本港的中长期发展前景由此遭到质疑，致使该港集装箱吞吐量的增长陷入瓶颈。

地中海航运公司已表示，如果墨尔本港的航道疏浚工程未完成，4000TEU的大型船舶就无法靠泊澳大利亚港口。

Patrick Corp是墨尔本港两大主要运营商之一，目前正计划整改Appleton Park附近的铁路，以便连接East Swanston码头。

墨尔本港已计划为集装箱码头配置新型的半自动场地龙门吊，并把布里斯班港渔夫码头的数台桥吊迁来墨尔本港，以便提升其港口作业能力。